The continuing rise of antibiotic r

The continuing rise of antibiotic resistance among human and animalpathogens supports the growing need for the development of noveland efficient antimicrobial approaches in a time- and cost-effectivemanner. Antimicrobial peptides (AMPs), short proteins with antibioticproperties, have shown efficacy against pathogens in the laboratorysetting. Traditional AMP discovery strategies have been target-centric(“top-down”), addressing one candidate at a time, thus making theprocess resource intensive and time consuming. As a result the currentnumber of characterized AMPs remains small (∼1130) (Fjell et al., 2007).AMPs are known to interfere with intracellular functions and topenetrate and disrupt microbial membranes. Upon expression of someDNA sequences in bacterial hosts the bacterial membranes get damagedeven to the extent of lethality. Vital dyes can be used to identify thesebacterial colonies with compromised membranes. Trypan blue (M.W.=960.81) exclusion assay has been the most widely accepted method fordiscriminating between living and dead cells in a cell culture. Usingtrypan blue exclusion, dead cells are stained blue, while live cells excludetrypan blue and, hence, are unstained. The bacterial colony, a collection ofmany bacterial cells, can be envisaged as a kind of “cell” consisting ofconsensus membranes with analogous dye-exclusion ability. Forexample, vital staining using chlorazol black E and efficient rescuing ofcolonies has been described for Mycoplasma (Berliner et al.,1969). To ourknowledge, themembrane integrity of entire colonies growing on a solidsupport medium (e.g.filter, agar,membrane) for the purpose of screeningDNA libraries has not been probed, assessed or utilized extensively forvitality studies. Induction of cloned genes in such libraries thereforepresents a unique opportunity to screen for membrane disruption.The sequences identified through vital dye inclusion assaysprovide a great resource for potentially novel AMPs. The problemwith expressing potential AMPs in bacterial host cells arises at theidentification step. If the expressed insert is lethal to the host, thebacteria are killed early on, and the insert cannot be recovered. Toovercome this problem, bacterial colonies can be grown beforeinducing the expression of the peptide, and upon induction thedying colonies can be identified using vital dye inclusion.In this report we propose a “bottom-up” screening tactic to identifynovel and useful AMPs through simultaneous testing of thousands ofexpressed DNA sequences. In the method presented, all cloned insertswhich express any form of an antagonizing molecule are identifieddirectly from the initial screen through a simple trypan blue dyeinclusion step to test membrane integrity. We tested this approachusing a whole-colony screening assay to discover novel bactericidalmolecules from the synthetic combinatorial library. This inexpensiveand technically simple screen enables genomes, transcriptomes, orsynthetic DNA libraries to be evaluated and may well address thecurrent need for more suitable AMPs.

結果 (繁體中文) 1:

抗生素抗性的人類和動物中的持續上漲
病原體支持日益需要的新穎的發展
以時間和成本有效和高效的抗微生物方法
的方式。抗微生物肽（AMP），短蛋白具有抗生素
性質，都表現出對在實驗室病原體功效
設置。傳統的AMP發現策略一直目標為中心
（“自上而下”），一次解決一個候選人，從而使
處理資源密集且耗時。其結果是當前
表徵AMP的數目仍然很少（~1130）（FJELL等人，2007）。
抗菌肽是已知與細胞內的功能和向干擾
穿透和破壞微生物膜。在一些的表達
在細菌宿主的細菌膜受損的DNA序列
連到殺傷力的程度。重要的染料可以用來識別這些
受損的膜的細菌菌落。台盼藍（MW =
960.81）排除測定已經成為最為廣泛接受的方法
在細胞培養中的活細胞和死細胞之間進行區分。使用
台盼藍染色，死細胞被染成藍色，而活細胞排除
和台盼藍，因此，未染色的。細菌菌落的集合，
許多細菌細胞，可以設想作為一種“細胞”由...組成的
共識膜具有類似於染料排斥能力。對於
使用氯唑黑E和高效救援例如，活體染色
的菌落已支原體被描述（柏林等人，1969）。據我們
所知，紮實的成長整個殖民地themembrane完整性
篩選的目的載體介質（egfilter，瓊脂，膜）
DNA庫一直沒有探測，評估或廣泛使用
的生命力研究。因此，在這樣的圖書館克隆基因的誘導
提出了膜破壞了獨特的機會窗口。
通過活體染料包含測定法鑑定的序列
為潛在的新的AMP提供了極大的資源。這個問題
在細菌宿主細胞中表達的潛在抗菌肽出現在
識別步驟。如果表達插入是致命的主機，
細菌早就殺了，並且插入無法恢復。為了
克服這個問題，細菌菌落之前可生長
誘導肽的表達，和誘導時的
垂死菌落可以用活體染料包含被識別。
在這份報告中，我們提出了“自下而上”篩選策略，以確定
通過數以千計的同時測試新的和有用的AMP
表達的DNA序列。在該方法中提出，所有克隆的插入
表達任何形式的拮抗分子被識別
直接從初始畫面通過一個簡單的台盼藍染料
包接工序到測試膜的完整性。我們測試了該方法
使用全細胞集落篩選測定發現新的殺菌
從合成組合文庫分子。這種廉價
和技術上簡單的屏幕使基因組，轉錄組，或
要評估的合成DNA文庫，並且可以很好解決
更合適Amps電流需要。

結果 (繁體中文) 2:

人類和動物抗生素耐藥性的持續下降
病原體支援對小說開發日益增長的需求
和高效的抗菌方法，在時間和成本效益
方式。抗菌肽（AmPs），帶抗生素的短蛋白
在實驗室中表現出對病原體的療效
設置。傳統的 AMP 發現策略一直以目標為中心
（"自上而下"），一次解決一個候選人，從而使
過程資源密集且耗時。因此，當前
特徵特徵的AMP數量仍然很少（1130英鎊）（Fjell等人，2007年）。
眾所周知，AAP 會干擾細胞內功能，並
穿透和破壞微生物膜。當一些表達
細菌中的DNA序列使細菌膜受損
甚至到致命程度。重要染料可用於識別這些染料
細菌菌落與受損的膜。錐藍色 （M.W.*
960.81） 排除測定是最廣泛接受的方法
在細胞培養中區分活細胞和死細胞。使用
錐藍色排除，死細胞被染色藍色，而活細胞排除
試盤藍色，因此，沒有染色。細菌菌群，一個集合
許多細菌細胞，可以設想為一種"細胞"，包括
具有類似染料排異能力的共識膜。對於
例如，使用氯酮黑E和有效搶救的重要染色
為支原體（柏林等人，1969年）描述了殖民地。到我們的
知識，整個殖民地的膜完整性生長在固體
支援介質（例如篩檢程式、瓊脂、膜），用於篩選
DNA庫尚未被廣泛探測、評估或廣泛使用。
活力研究。因此，在此類庫中誘導克隆基因
提供了一個獨特的機會來篩選膜中斷。
通過重要染料內含測定確定的序列
為潛在的新型 AAP 提供了巨大的資源。問題
在細菌宿主細胞中表達潛在的A0.（
標識步驟。如果表示的插入對主機是致命的，
細菌在早期被殺死，並且插入物無法恢復。自
克服了這個問題，細菌菌落可以種植之前
誘導肽的表達，並在誘導
使用重要的染料內含物可以識別垂死的菌落。
在本報告中，我們提出了一種"自下而上"的篩選策略，以識別
新穎和有用的ASP通過同時測試數以千計的
表達的DNA序列。在所呈現的方法中，所有克隆的插入
表示任何形式的對抗分子被識別
直接從初始螢幕通過一個簡單的錐藍色染料
內含步驟，以測試膜的完整性。我們測試了這種方法
使用全群篩選測定來發現新的殺菌方法
來自合成組合庫的分子。這便宜
和技術上簡單的螢幕使基因組，轉錄，或
合成DNA庫進行評估，並很可能解決
當前需要更合適的 AAP。

結果 (繁體中文) 3:

人畜抗生素耐藥性的持續上升
病原體支持了開發新的
以及高效的抗菌方法
態度。抗菌肽（AMPs），含抗生素的短蛋白
特性，在實驗室中顯示出對抗病原體的功效
設定。傳統的AMP發現策略是以目標為中心的
（“自上而下”），一次對一個候選人講話，從而使
處理資源密集且耗時。囙此，電流
特徵安培數仍然很小（∼1130）（Fjell等人，2007年）。
眾所周知，AMPs干擾細胞內的功能和
滲透並破壞微生物膜。在表達一些
細菌宿主的DNA序列細菌膜受到破壞
甚至到了致命的程度。重要的染料可以用來鑒別這些
膜受損的細菌菌落。臺盼藍（M.W=
960.81）排除試驗是
在細胞培養中區分活細胞和死細胞。使用
臺盼藍排斥，死細胞染藍，活細胞排斥
臺盼藍，囙此，是未染色的。細菌群
許多細菌細胞，可以設想為一種由
具有類似染料排斥能力的共有膜。為了
例如，使用氯唑黑E的活體染色和有效的
菌落被描述為支原體（Berliner等人，1969）。給我們的
知識，在固體上生長的整個殖民地的膜完整性
用於篩選的支持培養基（如篩檢程式、瓊脂、膜）
DNA文庫還沒有被廣泛地用於
活力研究。囙此，在這些文庫中誘導尅隆基因
為篩選膜破裂提供了一個獨特的機會。
通過活性染料包合試驗鑒定的序列
為潜在的新型安培提供了一個很好的資源。問題
在細菌宿主細胞中表達潜在的AMPs
識別步驟。如果表達的插入對宿主是致命的，則
細菌很早就被殺死了，而且插入物無法被恢復。到
克服這個問題，細菌菌落可以在
誘導肽的表達，並在誘導後
用活性染料包合物可以鑒定出死亡的菌落。
在本報告中，我們提出了一種“自下而上”的篩選策略來確定
通過同時測試成千上萬的新型實用放大器
表達DNA序列。在所提出的方法中，所有尅隆的插入
表達任何形式的對抗分子
直接從最初的荧幕通過簡單的臺盼藍染料
測試膜完整性的包合步驟。我們測試了這種方法
用全菌落篩選法尋找新型殺菌劑
來自合成組合庫的分子。這個便宜
科技上簡單的荧幕可以實現基因組，轉錄體，或
需要評估的合成DNA文庫可以很好地解决
電流需要更合適的安培數。